Морфологічна класифікація покривного епітелію залежить від кількості шарів та форми клітин. Тому, перш за все, епітелій поділяють на одно- та багатошаровий.
В одношаровому епітелії всі клітини розташовані на базальній мембрані. У багатошаровому на базальній мембрані лежить лише нижній базальний шар епітеліоцитів, а клітини, що розташовані вище, втрачають контакт із нею. Одношаровий епітелій поділяють на однорядний та багаторядний, а однорядний, в свою чергу, за формою клітин буває плоским, кубічним, призматичним. В однорядному епітелії всі клітини мають однакову форму і розмір, а їх ядра розташовуються на одному рівні. У багаторядному епітелії внаслідок різних видів, розмірів і форм клітин їх ядра лежать на різних рівнях, але всі епітеліоцити контактують з базальною мембраною.
Багатошаровий епітелій поділяється на плоский незроговілий, плоский зроговілий та перехідний. Такий поділ залежить від особливостей будови верхнього шару епітеліоцитів.
Одношаровий плоский епітелій складається із одного шару плоских клітин, які лежать на базальній мембрані, мають полігональну форму і нерівні краї. На апікальній поверхні епітеліоцитів є поодинокі мікроворсинки. Така будова характерна для ендотелію судин, мезотелію, який покриває листки плеври, перикард та інші серозні оболонки.
Одношаровий кубічний епітелій утворений клітинами кубічної, а в площині — квадратної форми. Він вистеляє окремі канальці та збірні трубочки нирки, утворює стінку фолікулів щитоподібної залози, жовчних проток печінки.
Одношаровий призматичний (циліндричний, або стовпчастий) епітелій вистеляє слизові оболонки стінки шлунка, тонкої і товстої кишок, матки. Для одношарового призматичного епітелію з облямівкою характерна наявність на апікальній поверхні епітеліоцитів чисельних мікроворсинок. Такий епітелій виконує функцію всмоктування і характерний для тонкої та товстої кишок, а також жовчного міхура, проток печінки і підшлункової залози.
Багаторядний (псевдобагатошаровий) призматичний війчастий епітелій вистеляє повітроносні шляхи, а також маткові труби і сім’явиносні протоки. В ньому є декілька типів клітин (війчасті, базальні, келихоподібні), але всі вони лежать на базальній мембрані. Проте не всі епітеліоцити досягають поверхні, що створює враження його багатошаровості.
Багатошаровий плоский незроговілий епітелій найбільш характерний для слизових оболонок ротової порожнини, стравоходу, зовнішнього шару рогівки, покриває також частину надгортанника, вистеляє піхву. Він складається з трьох шарів епітеліоцитів: базального, остистого та шару плоских клітин.
Багатошаровий плоский зроговілий епітелій покриває поверхню шкіри, утворюючи її епідерміс. Характерною особливістю цього епітелію є наявність п’яти шарів: базального, остистого, зернистого, блискучого, рогового. Зовнішній роговий шар складається з рогових лусочок, які утворюються в процесі кератинізації епідермоцитів (відкладання в цитоплазмі клітин рогової речовини — кератину).
Перехідний епітелій вистеляє сечовивідні шляхи (ниркові миски, чашечки, сечоводи, сечовий міхур), тобто органи, які здатні розтягуватися (при наповненні) і скорочуватися (при випорожненні). За різних морфо-функціональних станів органа змінюється форма і товщина епітеліального пласту — особливо поверхневого шару епітеліоцитів.