Механізми захисту від інфекції поділяються на зовнішні та внутрішні . Зовнішніми бар’єрами, які не в змозі здолати більшість бактерій і вірусів, є шкіра й слизові оболонки очей, дихальних шляхів, шлунково-кишкового тракту, статевих органів. Вони не тільки слугують механічною перешкодою на шляху мікробів, але й містять речовини, що їх вбивають, тобто мають бактерицидну дію.
Так, у слині, слізній рідині та шкірних виділеннях міститься білок лізоцим , який руйнує оболонк и бактеріальних клітин, а слизова оболонка шлунка виробляє соляну кислоту , яка перешкоджає розвитку кишкових інфекцій. Протистояти мікробам допомагає також нормальна мікрофлора шкіри та слизових оболонок. Бактерії, що постійно живуть на них, усіляко перешкоджають проникненню на їхню територію «чужинців». У разі порушення цілісності зовнішніх покривів відкриваються так звані ворота інфекції, через які мікроби намагаються потрапити у внутрішнє середовище організму. Назустріч їм відразу ж направляються лейкоцити, здатні до фагоцитозу (активного захоплювання й поглинання мікробів). Знищуючи мікробів, лейкоцити гинуть, а на місці «бою» формується осередок запалення.
Гній, що утворюється на ранці, — це тіла загиблих лейкоцитів, що локалізували інфекцію, тобто не допустили її подальшого поширення в організмі. Мікробів, що здолали і цей бар’єр, знешкоджують антитіла — специфічні білки плазми крові (імуноглобуліни), здатні розпізнавати «прибульців» за антигенами (ознаками чужо-рідності) . Вони відразу ж блокують мікробів, не даючи їм розмножуватися. Вірусів, що проникли до внутрішнього середовища організму, вбиває захисний білок інтерферон. У знищенні вірусів і бактерій усередині клітини беруть участь також лізосоми — органоїди, що здійснюють процеси внутрішньоклітинного травлення . Якщо клітина не справляється зі збудником, він розмножується й проникає в інші клітини. У разі розвитку інфекції боротися з нею допомагають ліки (антибіотики тощо).